Несмотря на многочисленные преимущества гидравлических систем, у них есть и некоторые недостатки. Один из главных минусов заключается в высокой стоимости аренды оборудования для коротких проектов. Процесс доставки и сборки системы занимает целый рабочий день, а если объем работ невелик и система справляется с задачей за один день, потребуется еще один день на демонтаж и вывоз оборудования. Таким образом, арендатору приходится оплачивать использование портального грузоподъемника за три дня, хотя фактически он работает только один день. В проектах, где преимущества портальных систем не являются критичными, их применение может быть экономически нецелесообразным.
Другой недостаток связан с ограниченной гибкостью траектории перемещения. Портальные системы перемещают объекты по рельсам, следуя заданной траектории. Если возникает необходимость изменить маршрут, приходится разбирать, перемещать и заново собирать всю конструкцию. Это приводит к дополнительным затратам времени и средств, поскольку арендная плата продолжает начисляться, даже когда система не работает. В сравнении с порталами, перестановка крана осуществляется гораздо быстрее.